遥か昔、人類は地上の生息域減少により地下開発を進めた。その労働力として人間に似せた人工生命体のマリガンを創造。しかしマリガンは自らのクローンを増やして勢力を広め人類に反乱。第3次停戦協定から230年後の世界。人類は地上に留まり地球規模に広がった地下世界をマリガンが支配していた。
地下世界に異変が－急遽、人間とマリガンによる地下世界の異変を探る調査チームが結成された。女性隊長トリス率いる人間チームと、クローンのオリジナルであるダンテ率いるマリガンチームは共に目的地である地下都市カープバールを目指すが、マリガンのカルト教団「ギュラ教」に襲撃されてしまう…。
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